Di dalam melaksanakan tugas seorang Pejabat Bea dan Cukai harus selalu berdasarkan pada Undang-undang Kepabeanan serta peraturan perundang-undangan lain yang pelaksanaanya dibebankan kepada Direktorat Jenderal Bea dan Cukai. Landasan tersebut sangat penting, mengingat tugas Pejabat Bea dan Cukai berkaitan dengan tindakan pengamanan hak-hak negara, diperlukan kewenangan untuk mengambil tindakan yang diperlukan.
Dalam melakukan kewenangan tersebut, dapat dilengkapi dengan senjata api dengan jenis dan syarat-syarat penggunaannya diatur dengan peraturan pemerintah. Pejabat Bea dan Cukai dapat meminta bantuan kepada angkatan bersenjata dan atau instansi lainnya. Atas permintaan tersebut maka angkatan bersenjata/instansi lain berkewajiban untuk memenuhi, memberi bantuan dan perlindungan atau memerintahkan untuk melindungi dalam segala hal yang berkaitan dengan pekerjaannya.
Wewenang kepabeanan tersebut meliputi :
Pengawasan dan penyegelan
Berdasarkan Pasal 78 Undang-undang Kepabeanan, bahwa Pejabat bea dan cukai berwenang untuk mengunci, menyegel dan/atau melekatkan tanda pengaman yang diperlukan terhadap barang impor yang belum diselesaikan kewajiban pabeannya dan barang ekspor atau barang lain yang harus diawasi menurut Undang-Undang Kepabeanan yang berada di sarana pengangkut, tempat penimbunan atau tempat lain.
Pemeriksaan barang
Berdasarkan Pasal 82 Undang-undang Kepabeanan, bahwa Pejabat bea dan cukai berwenang melakukan pemeriksaan pabean atas barang impor atau barang ekspor setelah pemberitahuan pabean diserahkan. Pejabat bea dan cukai berwenang meminta importir, eksportir, pengangkut, pengusaha tempat penimbunan sementara, pengusaha tempat penimbunan berikat atau mewakilinya menyerahkan barang untuk diperiksa, membuka sarana pengangkut atau bagiannya dan membuka setiap bungkusan atau pengemas yang akan di periksa. Jika permintaan pejabat bea dan cukai tidak dipenuhi pejabat bea dan cukai berwenang melakukan tindakan atas risiko dan biaya uang bersangkutan dan yang bersangkutan dikenai sanksi administrasi berupa denda sebesar Rp. 25.000.000,- (dua puluh lima juta rupiah).
Pemeriksaan pembukuan
Berdasarkan Pasal 86 Undang-undang Kepabeanan, bahwa Pejabat Bea dan Cukai berwenang melakukan audit kepabeanan terhadap orang. Dalam melaksanakan audit kepabeanan, pejabat bea dan cukai meminta laporan keuangan, buku, catatan dan dokumen yang menjadi bukti dasar pembukuan, surat yang berkaitan dengan kegiatan usaha termasuk data elektronik, serta surat yang berkaitan dengan kegiatan di bidang kepabeanan dan meminta keterangan lisan dan/atau tertulis dari orang dan pihak lain yang terkait; memasuki bangunan kegiatan usaha, ruang tempat untuk menyimpan laporan keuangan, buku, catatan dan dokumen yang menjadi bukti dasar pembukuan dan surat-surat yang berkaitan dengan kegiatan usaha, termasuk sarana/media penyimpanan data elektronik dan barang yang dapat memberi petunjuk tentang keadaan kegiatan usaha yang berkaitan dengan kegiatan kepabeanan dan melakukan tindakan pengamanan yang dipandang perlu terhadap tempat atau ruang penyimpanan dokumen yang berkaitan dengan kegiatan kepabeanan.
Pemeriksaan bangunan dan tempat lain
Berdasarkan Pasal 87 Undang-undang Kepabeanan, bahwa Pejabat bea dan cukai berwenang melakukan pemeriksaan atasu bangunan dan tempat lain yang penyelenggaraannya berdasarkan izin yang telah diberikan menurut Undang-undang Kepabeanan atau yang menurut Pemberitahuan Pabean berisi barang di bawah pengawasan pabean. Pejabat Bea dan Cukai berwenang melakukan pemeriksaan atas bangunan dan tempat lain yang secara langsung atau tidak langsung berhubungan dengan bangunan atau tempat.
Pemeriksaan sarana pengangkut
Berdasarkan Pasal 90 Undang-undang Kepabeanan, bahwa Pejabat bea dan cukai berwenang untuk menghentikan dan memeriksa sarana pengangkut serta barang di atasnya untuk pemenuhan kewajiban pabean. Sarana pengangkut yang disegel oleh penegak hukum lain atau dinas pos dikecualikan dari pemeriksaan oleh Pejabat Bea dan Cukai. Pejabat Bea dan Cukai berdasarkan pemberitahuan pabean berwenang untuk menghentikan pembongkaran barang dari sarana pengangkut apabila ternyata barang yang dibongkar tersebut bertentangan dengan ketentuan yang berlaku. Orang yang tidak melaksanakan perintah penghentian pembongkaran dikenai sanksi administrasi berupa denda sebesar Rp. 25.000.000,- (dua puluh lima juta rupiah).
Pemeriksaan badan
Berdasarkan Pasal 92 Undang-undang Kepabeanan, bahwa untuk pemenuhan Kewajiban Pabean berdasarkan Undang-undang Kepabeanan atau peraturan perundang-undangan lain tentang larangan dan pembatasan impor atau ekspor barang, Pejabat Bea dan Cukai berwenang memeriksa badan setiap orang :
- yang berada di atas atau baru saja turun dari sarana pengangkut yang masuk ke dalam Daerah Pabean
- yang berada di atas atau siap naik ke sarana pengangkut yang tujuannya adalah tempat di luar Daerah Pabean
- yang sedang berada atau baru saja meninggalkan Tempat PenimbunanSementara atau Tempat Penimbunan Berikat
- yang sedang berada di atau saja meninggalkan Kawasan Pabean
Kewenangan khusus Direktur Jenderal
Berdasarkan Pasal 92A Undang-undang Kepabeanan, bahwa Direktur Jenderal karena jabatan atau atas permohonan dari orang yang bersangkutan dapat :
- membetulkan surat penetapan tagihan kekurangan pembayaran bea masuk yang dalam penerbitannya terdapat kesalahan tulis, kesalahan hitung dan/atau kekeliruan dalam penerapan ketentuan Undang-undang ini
- mengurangi atau menghapus sanksi administrasi berupa denda dalam hal sanksi tersbeut dikenakan pada orang yang dikenai sanksi karena kekhilafan atau bukan karena kesalahannya.