Pemeriksaan fisik barang harus dimulai paling lambat 3 (tiga) hari kerja setelah tanggal SPJM atau SPPF. Importir atau kuasanya menyampaikan kesiapan dimulainya pemeriksaan fisik barang kepada pejabat. Untuk Kantor Pabean yang mengoperasikan pemindai peti kemas, pemeriksaan fisik barang dapat dilakukan dengan menggunakan pemindai peti kemas. Pemeriksaan dengan menggunakan pemindai peti kemas dilakukan terhadap :
- barang yang pengeluarannya ditetapkan jalur hijau dan terkena pemeriksaan acak melalui pemindai peti kemas
- barang yang pengeluarannya ditetapkan jalur merah namun hanya terdiri dari satu jenis (satu pos tarif).
- barang impor dalam refrigerated container yang berdasarkan pertimbangan dari pejabat yang menangani pelayanan pabean dapat diperiksa dengan pemindai
- barang yang berisiko tinggi berdasarkan hasil analisis intelijen
- barang peka udara, atau
- barang lainnya yang berdasarkan pertimbangan Kepala Kantor Pabean atau Pejabat yang ditunjuk dapat dilakukan pemeriksaan melalui pemindai peti kemas
Dikecualikan dari pemeriksaan melalui pemindai peti kemas dimaksud, terhadap :
- barang impor peka cahaya
- barang impor yang mengandung zat radioaktif, atau
- barang impor lainnya yang karena sifatnya dapat menjadi rusak apabila dilakukan pemindaian
Untuk mendapatkan keakuratan identifikasi Barang Impor, Pejabat pemeriksa dokumen dapat memerintahkan untuk dilakukan uji laboratorium. Terhadap uji laboratorium dimaksud, dilakukan di Balai Pengujian dan identifikasi barang dikenakan PNBP.