Nilai pabean adalah nilai transaksi barang impor yang merupakan elemen dasar untuk perhitungan besarnya Bea Masuk. Sistem penetapan nilai Pabean dewasa ini umumnya telah menggunakan ketentuan "The World Trade Orgaanization Valuation Agreement" (WTO Valuation Agreement).
Bagi negara anggota WTO yang belum menerapkan WTO Valuation Agreement termasuk Indonesia sesuai dengan hasil akhir Putaran Uruguay (The Final Act Uruguay Round), diharuskan menerapkan paling lambat tanggal 1 Januari 2000. Berdasarkan UU No. 10 tahun 1995, Indonesia telah menerapkan sistem penetapan nilai Pabean yang diakomodir sesuai dengan prinsip-prinsip WTO Valuation Agreement sejak 1 April 1997.
Sesuai praktek yang terjadi saat ini, dalam hal importasi barang impor yang bukan merupakan subyek transaksi jual-beli, misalnya impor sementara, importasi dalam Pemberitahuan Impor Barang Tertentu (PIBT), terhadap barang tersebut dilakukan penetapan nilai pabean oleh Pejabat Bea dan Cukai (official assessment) sebelum Pemberitahuan Pabean diserahkan.
Secara garis besar Undang-undang Kepabeanan mengatur bahwa penetapan nilai pabean barang impor untuk perhitungan Bea Masuk menggunakan 6 (enam) metoda yang diterapkan sesuai hirarki penggunaanya dan satu metode yang memberikan kesempatan atau fasilitasi kepada importir yaitu :
Metode I, Nilai pabean untuk penghitungan bea masuk adalah nilai transaksi dari barang yang bersangkutan.
Metode II, dalam hal ini nilai pabean untuk penghitungan bea masuk tidak dapat ditentukan berdasarkan nilai transaksi barang yang bersangkutan, nilai pabean untuk penghitungan bea masuk ditentukan berdasarkan nilai transaksi barang dari barang identik.
Metode III, dalam hal nilai pabean untuk penghitungan bea masuk tidak dapat ditentukan berdasarkan nilai transaksi dari barang yang bersangkutan dan nilai transaksi barang identik, nilai pabean untuk penghitungan bea masuk ditentukan berdasarkan nilai transaksi dari barang serupa.
Metode IV, dalam hal nilai pabean untuk penghitungan bea masuk tidak dapat ditentukan berdasarkan nilai transaksi dari barang yang bersangkutan dan nilai transaksi barang dari barang identik, nilai transaksi dari barang serupa, nilai pabean untuk penghitungan bea masuk ditentukan berdasarkan metode deduksi.
Metode V, dalam hal nilai pabean untuk penghitungan bea masuk tidak dapat ditentukan berdasarkan nilai transaksi barang yang bersangkutan, nilai transaksi barang dari barang identik, nilai transaksi dari barang serupa, dan metode deduksi, nilai pabean untuk penghitungan bea masuk ditentukan berdasarkan metode komputasi.
Metode VI, dalam hal nilai pabean untuk penghitungan bea masuk tidak dapat ditentukan berdasarkan metode I sampai dengan V, nilai pabean untuk penghitungan bea masuk ditentukan dengan menggunakan tata cara yang wajar dan konsisten dengan prinsip metode I sampai dengan V, nilai pabean untuk penghitungan bea masuk ditentukan berdasarkan metode komputasi berdasarkan data yang tersedia di daerah pabean dengan pembatasan tertentu.