Kegiatan angkutan laut khusus dilakukan oleh badan usaha untuk menunjang usaha pokok untuk kepentingan sendiri dengan menggunakan kapal berbendera Indonesia yang memebuhi persyaratan kelaiklautan kapal dan diawaki oleh awak kapal berkewarganegaraan Indonesia berdasarkan izin operasi dari Pemerintah.
Kegiatan angkutan laut khusus diselenggarakan dengan menggunakan kapal berbendera Indonesia yang laik laut dengan kondisi dan persyaratan kapal sesuai dengan jenis kegiatan usaha pokoknya.
Kegiatan angkutan laut khusus dilarang mengangkut muatan atau barang milik pihak lain dan/atau mengangkut muatan atau barang umum kecuali dalam hal keadaan tertentu antara lain tidak tersedianya kapal dan belum adanya perusahaan angkutan yang mampu melayani sebagian atau seluruh permintaan jasa angkutan yang ada berdasarkan izin pemerintah.
Pelaksanaan kegiatan angkutan laut asing yang melakukan kegiatan angkutan laut khusus kep pelabuhan Indonesia yang terbuka bagi perdagangan luar negeri wajib menunjuk perusahaan angkutan laut nasional atau pelaksana kegiatan angkutan laut khusus sebagai agen umum.
Pelaksana kegiatan angkutan laut khusus hanya dapat menjadi agen bagi kapal yang melakukan kegiatan yang sejenis dengan usaha pokoknya.