Pembayaran bea masuk dan PDRI dilakukan dengan cara pembayaran tunai atau pembayaran berkala. Pembayaran berkala dapat dilakukan oleh MITA Prioritas dan importir yang diberikan kemudahan PIB berkala. Dalam hal pembayaran dilakukan secara tunai, importir melakukan pembayaran bea masuk, cukai untuk impor etil alkohol dan PDRI, sebelum menyampaikan PIB ke Kantor Pabean dan dilakukan di Bank Devisa Persepsi atau Pos Persepsi.
Khusus terhadap importasi di Kantor Pabean yang telah menerapkan sistem PDE Kepabeanan, pembayaran bea masuk, cukai untuk impor etil alkohol dan PDRI sebagaimana dimaksud dilakukan di Bank Devisa Persepsi atau Pos Persepsi yang terhubung dengan sistem PDE Kepabeanan.
Pembayaran dilakukan dengan menggunakan SSPCP. SSPCP yang disampaikan ke Kantor Pabean harus mencantumkan Nomor Transaksi Bank (NTB) / Nomor Transaksi Pos (NTP) dan/atau Nomor Transaksi Penerimaan Negara (NTPN). NTB/NTP dan/atau NTPN dimaksud atas PIB yang didaftarkan ke Kantor Pabean yang telah menerapkan sistem PDE Kepabeanan disampaikan secara elektronik oleh Bank Devisa Persepsi atau Pos Persepsi ke Kantor Pabean.